Στο Μικροβιολογικό τμήμα εκτελούνται τόσο άμεσες μικροβιολογικές εξετάσεις όσο και καλλιέργειες βιολογικών υγρών, που μπορούν να λειτουργήσουν είτε προληπτικά για την αποφυγή κάποιας λοίμωξης είτε ως μέσο παρακολούθησης μιας προ υπάρχουσας λοίμωξης αποτελώντας βασική προϋπόθεση για την επιτυχή της θεραπεία.
Εκτελούνται όλων των ειδών οι καλλιέργειες όπως καλλιέργεια ούρων, κολπικού υγρού, σπέρματος, και καλλιέργεια φαρυγγικού, ωτικού και ρινικού εκκρίματος.
Εκτελείται επίσης ανάλυση σπέρματος (σπερμοδιάγραμμα), και ορολογικές και μικροσκοπικές εξετάσεις κοπράνων.